Уютный сайт о здоровье

  • ru

Создан новый метод секвенирования, позволяющий быстро выявить возбудителя сепсиса

Создан новый метод секвенирования, позволяющий быстро выявить возбудителя сепсиса

В докладе в Journal of Molecular Diagnostics, опубликованном Elsevier, описывается новая методика, которая использует секвенирование следующего поколения в реальном времени (NGS) для анализа крошечных количеств микробной бесклеточной ДНК в плазме пациентов с сепсисом, предлагая возможность точной диагностики возбудителей сепсиса в течение нескольких часов после взятия крови. Текущие диагностические тесты не являются ни быстрыми, ни достаточно точными для того, чтобы предоставить своевременную, критически важную информацию.

Читайте также: Комплексное исследование генома может предсказать развитие опасных заболеваний

NGS включает в себя несколько передовых процессов, используемых для последовательности нуклеотидов в ДНК. В предыдущей работе исследователи описали систему, которая использовала NGS микробных бесклеточных ДНК для обнаружения патогенных микроорганизмов в крови, В итоге технология оказалась высокочувствительной и более быстрее, чем стандартные методы диагностики на основе культуры крови (в течение 28 часов). Однако их конечной целью было разработать еще более быстрый тест для ускорения начала качественного лечения.

Чтобы преодолеть это ограничение, исследователи установили рабочий процесс диагностики, основанный на высокопроизводительном (нанопористом) секвенировании микробной ДНК 3-го поколения. Обычно секвенирование нанопор используется для анализа длинных фрагментов в достаточных количествах. Однако микробная бесклеточная ДНК встречается в небольших фрагментах и ​​в небольших количествах в плазме. Нанопористое секвенирование предоставляет возможность анализа в реальном времени во время секвенирования, что значительно сокращает время, необходимое для получения результатов.

ДНК

Этот новый метод основан на использовании ручного секвенсора для нанопор, известного как MinION. Это устройство является портативным, может считывать сверхдлинные последовательности и немедленно обрабатывает их в режиме реального времени.

В этом исследовании, подтверждающем концепцию, исследователи проанализировали плазму от четырех пациентов с сепсисом и трех здоровых людей, которые были госпитализированы в ОИТ. ДНК каждого образца подвергали секвенированию с использованием обеих технологий: стандартного NGS (Illumina) и новой нанопористой технологии NGS. При секвенировании нанопор все образцы пациентов с сепсисом оказались положительными на соответствующие патогены, будь то бактериальные, вирусные или грибковые.

После дополнительных усовершенствований новая технология смогла добиться увеличения пропускной способности секвенирования в 3,5 раза, что позволило идентифицировать патоген в течение нескольких минут после начала секвенирования. Фактически, результаты самого высокого качества были получены в течение 2 или 3 часов после начала секвенирования. Напротив, с Illumina окончательные результаты доступны только после того, как секвенирование закончено.

Исследователи также сравнили вероятность обнаружения патогена с помощью системы MinION с высокоточной и клинически подтвержденной методикой Illumina NGS при ретроспективном анализе 239 образцов, взятых у пациентов с сепсисом. Хотя точность секвенирования нанопор была ниже, чем при использовании Illumina (приблизительно 85% против 99%), они обнаружили сильную корреляцию между результатами, полученными MinION против Illumina.

Источник: https://www.elsevier.com/en-in

Добавить комментарий

Войти через Ваше имя
Пожалуйста, укажите ваше имя
Электронная почта
Пожалуйста, укажите ваш e-mail
Комментарий
Пожалуйста, оставьте комментарий

наверх
Данная информация предоставлена
с ознакомительной целью.
Не занимайтесь самолечением
Яндекс.Метрика
bigmir)net TOP 100